SMP Xaverius merupakan sekolah Menengah Pertama didirikan pada tanggal 1 agustus 1964 dengan Dasar SK Bupati NoPd/2/5/P.1/UP/1964 tentang berdirinya Sekolah Menengah Pertama dan Sekolah Dasar Xaverius Kotabumi. Sampai Tahun 1968 Sekolah Xaverius Kotabumi merupakan Unit Kerja Yayasan Xaverius Palembang.

Sekolah Xaverius didirikan oleh seorang Pastor Theodorus Borst SCJ, seorang yang mempunyai perhatian besar terhadap dunia Pendidikan, pada bulan Februari 1963 beliau mendapatkan lokasi Tanah seluas 10.310 yang berada di Jalan Bukit Pesagi Kampung Kota Alam Kelurahan Tanjung Aman Kotabumi, hasil pembelian dari Bapak Batin Imam.